提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
第二届操作系统产业峰会举行******
1月9日,以“麒心协力 创新永恒”为主题的麒麟软件第二届操作系统产业峰会以线上形式举行,政产学研用各界聚焦政策前沿与发展机遇,探讨操作系统“大生态”,共话行业未来发展新趋势。
中国工程院院士郑纬民表示,突破关键核心技术,是实现高水平科技自立自强的坚实基础,直接决定国家现代化事业的前景和命运。麒麟软件不断加强在产品形态、功能性能、安全性、可靠性的指标,对于国产操作系统产业发展功不可没。
工业和信息化部网络安全产业发展中心主任付京波表示,随着新一代信息技术的快速应用,打造新时代、新场景、新需求下的安全操作系统、建设我国自主的信息技术生态服务体系,成为提升国家网络安全的重要任务。
峰会邀请来自通信、金融等重点关基行业的企业代表,分享银河麒麟操作系统系列产品在各行业落地应用的成功案例。其中,中国移动信息技术中心PaaS架构师魏宝辉带来题为《中国移动磐基容器云操作系统升级实践》的主题分享,介绍了中国移动与麒麟软件携手打造云原生操作系统,探索数字化云原生转型的创新实践。中国银行股份有限公司信息科技部技术经理张驰则以《中国银行信创操作系统实践》为题,介绍了银河麒麟操作系统部署情况及多场景应用适配工作成果,并表示将与麒麟软件携手共同建设符合金融业务领域的多样化信创终端业务场景。
峰会上,麒麟软件还发布了银河麒麟高级服务器操作系统 V10(SP3)、银河麒麟嵌入式操作系统V10、星光麒麟操作系统1.0、银河麒麟系统升级管理平台四大新品。
中国电子信息产业集团有限公司党组成员、副总经理陆志鹏表示,麒麟软件作为中国电子在操作系统领域重点打造的核心企业,在发展的快车道上大步向前。此次发布的新品,将为产业提供更安全的基础软件、性能更优异的嵌入式平台以及智慧互联平台,以及更丰富、更便捷的国产操作系统生态全景,从而更好支撑国家网络强国、数字中国战略。(肖春芳)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)